Den nye version af Omicron-varianten er en lusket lille bastard

Verden


Den nye version af Omicron-varianten er en lusket lille bastard

Der er en ny form for Omicron variant af coronavirus -en, som eksperter siger, er svær at skelne fra Delta variant ved anvendelse af standard polymerasekædereaktion eller PCR-tests.

Udseendet af denne luskede 'BA.2'-subvariant - 'sublineage', er det videnskabelige udtryk - er den seneste udvikling i den krise, der stadig er under udvikling, som basislinjen BA.1 Omicron udløste efter sundhedsembedsmænd i Sydafrika bekræftede den nye slægt , med sine snesevis af nøglemutationer, for to uger siden.


Den svære at skelne BA.2 sublineage er også en kraftig påmindelse til uvaccineret at blive vaccineret, og den uboostede for at blive boostet. Der er meget, vi ikke ved om Omicron og dets underafstamninger, men tidlige tegn er, at de førende vacciner fungerer stadig fint imod dem . Og selvfølgelig virker alle jabs endnu bedre med et booster-skud.

Forskere opdagede første gang den luskede BA.2 for et par dage siden efter genetisk sekventering af en batch af testprøver, som embedsmænd i Sydafrika , Australien og Canada indsamlet. Indtil videre er subvarianten blevet identificeret i 30 lande og seks kontinenter.

'Du kan stadig opdage det ved PCR, men kan ikke skelne det fra den dominerende Delta-stamme,' sagde Rob Knight, leder af et genetisk beregningslaboratorium ved University of California, San Diego, til The Daily Beast. Med andre ord kan en PCR-test fortælle dig, at du har COVID, men det kan detikkefortælle dig, at du specifikt har fanget BA.2.

For at være retfærdig kan den udelukkelse være et problem. Hvis Omicron og dets underafstamninger viser sig at være mere farlige end Delta og dets underafstamninger, så ville det være virkelig vigtigt at vide præcis, hvor mange Omicron-tilfælde, der er som en undergruppe af alle COVID-infektioner. Det vil sige, hvor langt ind i befolkningen Omicron er 'trængt ind', for at låne det epidemiologiske udtryk.


'Det er muligt, at denne såkaldte 'stealth-variant' kan betyde, at der er mere gennemtrængning af disse bekymrende varianter, der cirkulerer, end vi er klar over,' sagde Lawrence Gostin, en global sundhedsekspert fra Georgetown University, til The Daily Beast. Det betyder ikke, at vi er magtesløse til at vurdere den potentielle Omicron-drevne stigning i sager, der ser ud til allerede at være i gang i store dele af verden. Detgørbetyder, at vi spiller indhentning, mens vi justerer vores PCR-tests og laver mere detaljeret genetisk sekventering af prøver.

Dr. Lawrence Gostin kalder det en 'stealth-variant.'

Chip Somodevilla/Getty

For at forstå, hvordan BA.2 kan gemme sig bag Delta, og dermed potentielt skjule det sande omfang af Omicrons spredning, er du nødt til at forstå, hvordan PCR-tests fungerer. PCR involverer en prøve af potentiel virus og en 'primer', som testskaberne har skræddersyet til at tilskynde virussen til at replikere. Udsæt prøven for primeren og vent lidt. Hvis virussen replikerer, har du et positivt testresultat.


Her er fangsten. PCR-tests er ikke gode til at fortælle en afstamning af en bestemt virus fra en anden. Du kan designe primeren, så den matcher visse unikke egenskaber af den afstamning, du er mest bekymret for, men da mange afstamninger deler genetiske egenskaber, kan testen registreres positiv for virussen, men ikke afgørende for afstamningen.

Eksperter håbede oprindeligt, at vi kunne bruge den samme PCR-test, som vi brugte til at detektere den gamle Alpha-afstamning af SARS-CoV-2 til også at finde Omicron. Det er fordi både Alpha og Omicron deler en genetisk markør. 'En deletion af aminosyrerne 69 og 70 i Spike-genet,' ifølge Niema Moshiri, en genetiker ved University of California, San Diego.

Her er problemet. 'Den nye underafstamning af Omicron, BA.2, har ikke denne sletning,' fortalte Moshiri til The Daily Beast. Gæt hvilken afstamningogsåudelader denne sletning? Det er rigtigt: Delta. Så laboratorieteknikere, der bruger gamle Alpha-tests til at lede efter Omicron, vil muligvis savne BA.2-sagen. I mellemtiden kan teknikere, der leder efter Delta, ved et uheld også tælle en masse BA.2 sager.

Testens tvetydighed kan bremse os, mens vi forsøger at få styr på, hvor dårligt Omicron er, og hvor og hvor hurtigt det spredes. Men det vil faktisk ikke stoppe os i at forstå eller adressere de nye slægter og dens underafstamninger.


Når alt kommer til alt, er vi stadig afhængige af detaljeret genetisk sekventering, i modsætning til hurtig PCR-test, for virkelig at granske og spore den nye coronavirus. 'Med sekventering ville vi være i stand til at bestemme afstamning alligevel, uanset BA.1 eller BA.2,' forklarede Moshiri.

Men sekventering er dyrere end test og tager længere tid. 'Det er et meningsfuldt problem,' sagde Knight.

Alligevel er BA.2's manglende evne til at skjule sig fra sekventering grunden til, at Keith Jerome, en virolog ved University of Washington, sagde, at han ikke er så bekymret. Jeromes laboratorium opdagede de første tre Omicron-tilfælde i staten Washington i sidste uge. Washington sekvenserer 14 procent af testene, sagde Jerome, så BA.2 kan ikke forblive skjult længe. 'Denne undervariant af Omicron kan gemme sig i en dag eller to, men hvis den overhovedet bliver almindelig, finder vi den via den tilfældige sekvensering.'

Alt det vil sige, ja, BA.2 er et problem. Hvor stort et problem afhænger i høj grad af, hvor alvorlig Omicron viser sig at være efter yderligere undersøgelse. 'Det kan være, at disse varianter kan rummes som en ny post-pandemisk normal, ligesom influenza, i hvilket tilfælde test - selvom det er vigtigt for at opdage hotspots og for at vurdere eller projicere sandsynlige byrder - måske ikke er for afgørende,' Edwin Michael. en epidemiolog ved Center for Global Health Infectious Disease Research ved University of South Florida, fortalte The Daily Beast.

Under alle omstændigheder er BA.2 et problem med indlysende løsninger. Nye PCR primere. Mere sekventering. Og som altid masker, vacciner og boostere . 'Jeg ved, at alle er 'begejstrede' for Omicron,' sagde Stephanie James, leder af et COVID-testlaboratorium ved Regis University i Colorado, til The Daily Beast. 'Men varianter forventes af det videnskabelige samfund. Rådene er de samme - bliv vaccineret og tag en maske på.'